A zászlóshajó fajok olyan karizmatikus fajok, amelyeket vonzerejük, jellegzetességük vagy sebezhetőségük miatt választanak egy meghatározott élőhely szimbólumává. Ezek a fajok általában érzelmileg magukkal ragadják a közönséget, így gyakran környezetvédelmi célok, kampányok nagyköveteként is megjelennek, felhívva az emberek figyelmét a természetvédelmi erőfeszítések fontosságára. Ekképpen egész ökoszisztémák kabalái lehetnek. A zászlóshajó fajok lehetnek kulcsfajok vagy indikátorfajok, de nem feltétlenül azok.

A legismertebb zászlóshajó faj az óriáspanda, amely egyben a természetvédelem legjelentősebb szimbóluma. Ezt a fajt használja a World Wildlife Fund (WWF) logóként. A jegesmedvék, akik leginkább az éghajlatváltozás hatásaira való figyelemfelkeltésben játszanak szerepet, szintén jelentős zászlósfajok. A sarkvidéki fókavadászat betiltására irányuló mozgalom a bébi fókában találta meg zászlóshajó faját. A tengeri teknősök a világ óceánjainak zászlóshajósai, egyes mozgalmak általuk szeretnék felhívni a figyelmet a horogsoros halászat korlátozására.

Szintén a zászlóshajó fajok közé sorolhatók a bengáli tigris, az afrikai elefánt, az ázsiai elefánt, a hegyi gorillák vagy épp a koala. Ezek a fajok sikeresen ösztönözhetik a biológiai sokféleség megőrzésének nagyobb mértékű támogatását.

Egyes vélemények szerint azonban népszerűségük miatt túlzottan nagy figyelem hárul rájuk, amiből más veszélyeztetett fajok csak keveset vagy egyáltalán nem profitálnak.